政府改造委員會三月三十日終於敲定了行政院組織精簡方案，當天陳水扁總統在委員會議中授權行政院決定獨立機關的設置。這一天，行政院研考會主委林嘉誠的心情顯然相當好，一直重複說：「總統說，『審慎為之』這四個字已經很清楚了。」頗有戰勝了「學者版」的喜悅，一掃前陣子行政院版本不受重視的陰霾。
先前政府改造委員會在幕僚會議中，曾傳出總統府秘書長陳師孟偏袒學者意見，導致學者版本凌駕行政院版本，讓媒體還針對林嘉誠與陳師孟兩位陳水扁在市府時代的「副市長」，被媒體大書特書是「有心結」。但三月三十的政府改造委員會議，林嘉誠得意的認為，在獨立機關方面，陳水扁的裁示是站在「行政院這一邊」的。陳水扁總統的這項裁示，也使得先前學者主張成立多達七個獨立機關的建議歸零思考。
原來，前幾次的幕僚會議中，部分學者對於行政院如何瘦身「意見很多」，無視於研考會長期研究的成果。而陳師孟顯得對學者版較贊許，讓林嘉誠頗有鬱卒感，變得不太愛對政府再造發表意見，很低調也不太和媒體多互動。而學者除了在組織精簡陷入數字迷思外，對於獨立機關的設置也偏重獨立行使職權，提議成立的獨立機關多達七個。
