焦仁和在八十二年十二月二日，從陸委會副主委轉任海基會第四代秘書長。這個調動對黃昆輝與焦仁和兩人來說，都是一項重大的挑戰，他倆在陸委會共事時相安無事，若分屬海陸兩會就有齟齬，則兩會的問題就非制度的問題，而是人的問題。
但焦仁和上任後反而採取低姿態，言必稱陸委會為上級單位，致函黃昆輝則以「職」自稱，其恭謹謙卑的態度與前三任秘書長完全不同。
而陸委會在焦仁和赴海基會履新之日，派了不少人員前往致賀，這是陸委會人員集體到海基會最多的一次。同時陸委會也刻意將海基會與海協會在十二月中旬協商的傳真函，留到焦仁和上任後才授權發出，頗有為其造勢之意。
