內部自力改革較能順應組織文化，但缺點是人情包袱重；外力改革雖然客觀，但容易引起組織內部反彈，兩種改革方式，究竟該選擇哪一個好？
組織改革該靠內部自己來，還是引進外力刺激比較好，前者的好處是，內部人員了解企業文化，可以量身打造適合進度，但是缺點則是人情包袱重。此外，若非遭遇重大挑戰，組織內部很難凝聚改革共識。藉由外力雖然客觀，但是外人不了解企業運作與文化，引起內部的反抗更大，這就是擁有一百一十八年歷史的台大醫院，在引入管理制度改革時，面對的重大挑戰。
一九八○年代後，政府對公立醫院的補助降低，對於所有公立醫院而言是一記警鐘，台大醫院也不自外於此趨勢。
為了兼顧社會責任、醫療品質和財務自足，一九九九年，現任院長陳明豐，著手引入平衡計分卡等管理制度，至今是台灣實施平衡計分卡最久的醫院，還延伸轄下五家分院，是國內管最多分院的公立醫院。另一方面，台大醫院對於政府的教學研究補助經費依賴度也逐年降低。
