李登輝會不會提名李遠哲當行政院長，政界莫不存疑，而李遠哲也正為他的科學生涯與從政生涯舉棋不定。
中央研究院院長李遠哲被李登輝總統列為下任行政院長優先提名人選，此事經媒體曝光之後，引起政壇極大震撼，國民黨中生代尤其反彈強烈。不過據了解，李登輝打出李遠哲這張牌並非不按牌理出牌，而是深思熟慮下的結果，李遠哲個人的態度也已從原先的拒絕、保留、意願不高，轉為認真考慮接受提名，但還未做最後決定。現在就看李遠哲是否下定決心，以及李登輝能否抵擋黨內中生代的壓力，如果雙李能夠克服壓力，李遠哲將成為台灣第一位擁有諾貝爾獎榮冠的行政院長，否則李登輝二月暫提名連戰過渡的可能性還是很高。
從很多方面來看，李遠哲確實具備擔任下任行政院長少有人能及的優越條件：其一、本土化及國際化是台灣當前及未來的發展趨勢，李遠哲為第一位出身本土的諾貝爾獎得主，國內及國際的聲望都很高；其二、兩岸關係正處於敏感複雜階段，李遠哲自一九七八年起就投身海峽兩岸的科學工作，與北京領導階層並不陌生，曾任國家統一委員會委員，同時受到兩岸當局的尊重，對兩岸關係的發展有其獨到見解與掌握能力，放眼當前政界中生代，實無一人有如此優越的條件。
就國內政局來說，目前三黨競爭相當激烈，第三屆立法院國民黨雖然仍擁有過半席次，但內外阻力重重，朝野之間的惡鬥日復一日，儼然將形成結構性的僵局。無黨籍的李遠哲如果被提名為行政院長，預料應可獲得多數立委的支持，無形中就塑造了朝野「大和解」的環境，有助於打破政治僵局。當然，以李遠哲的崇高聲望與清新形象，如首肯出任行政院長，不但將使內閣一新耳目，對李登輝的競選連任也必然有正面的助益。
