雖然法務部聲稱，將治平專案被告全部押送綠島是為了「戒護及安全上的考量」， 但法界人士卻認為，這是相當「危險」的做法……
治平專案雷厲風行後，台大法律系教授林山田在一項餐敘中碰到法務部長廖正豪。他忍不住地詢問廖正豪，以直升機將治平專案的被告全部押解綠島，再由台東地檢署起訴，這種「創造管轄權」的做法，究竟是誰出的主意？據轉述，廖正豪當時沒有答覆林山田。
林山田為什麼要問這個問題？原來，治平專案的執行雖然贏得國人的掌聲，但是，對於法務部把治平專案被告全部押解到綠島羈押的做法，法界人士卻早已議論紛紛，尤其對程序的正義提出相當的質疑。民間司改會執行長林永頌說：「是否真有必要一定要把人押在綠島？除了綠島就沒有其他看守所可以羈押他們嗎？」中華民國人權協會常務理事蘇友辰律師就說：「我們都支持掃黑，但程序正義是實質正義的基礎，即使是治平專案的被告，人權還是要有合法的保障。」
林山田認為法務部這種做法「已違背刑事訴訟法的基本精神」，他說，按照刑事訴訟法，犯罪嫌疑人在那個地方犯法，轄區的地檢署就應發揮作用「負責偵辦」、「各個地檢署都有它日常的事務，不能把治平專案全部委由台東地檢署」。
