杜正勝是史學大家，每每有開創性的研究觀點與論述；但是，當他成為教育部長，親自督陣本土史觀，許多質疑隨之而來。
我不是狹隘的本土 我教學生認識中國 (攝影者．翁挺耀 )
五二○新內閣上台後，所有閣員中，就屬教育部長杜正勝引起最多爭議。
首先是親民黨立委李慶華質疑他的碩士學歷有問題，不夠資格擔任教育部長；後來是李慶安質詢他倒轉台灣地圖九十度，讓台灣島「躺」在中國大陸上方，被譏為「自卑引起的自大」，連民進黨立委沈富雄都說他「意識形態過強」。
平心而論，杜正勝以中央研究院院士的資歷出任教育部長，在學術地位上，並沒有任何不適任之處；他在學術演講中倒轉台灣地圖，以示「換個角度看台灣」，也並不違背他一貫開創性的學術風格。
