新政府執政以來，歷經了八掌溪、核四風暴、墾丁油污等事件， 葉菊蘭是首位主動請辭負責的閣員，此舉不但使她的民調支持率升高， 也使她成為內閣改組風暴中的最大贏家。
葉菊蘭（右）在交通部所做的決策多出自於高層的授意（左為毛治國、中為陳堯）。 (攝影者．許永縉 )
「國母」鬧辭職，「教父」被迫下台！阿瑪斯油污事件，行政院長張俊雄指示研考會提出懲處名單曝光後的當天，交通部長葉菊蘭以迅雷不及掩耳的速度向張俊雄口頭請辭，表達「政務官沒有行政處分，只有負責任問題」的立場。葉菊蘭跺跺腳，政壇馬上引起大震盪，新政府被迫提前進行內閣改組。
而且，在總統府高層「國母不能辭」的指示下，部分閣員卻意外地提前下台，「棄林（指環保教父林俊義）保葉」竟成了內閣改組的主軸之一，葉菊蘭的辭官大動作，是其個性使然？還是求內閣更迭中的自保？還是向高層爭取決策自主空間？
據葉菊蘭幕僚檯面上的說法是，研考會在二月二十七日提出的懲處名單，且張俊雄在立法院接受質詢時三度提到交通部有缺失，是葉菊蘭提出請辭的主因。
